Die Abgeordnetenversammlung AV ist das Parlament (Legislative) des SEK. Sie tritt zwei Mal pro Jahr zusammen, im Juni als Gast einer Mitgliedkirche, im November in Bern. Die Mitgliedkirchen sind mit 70 Abgeordneten vertreten, die Diakonie- und die Frauenkonferenz stellen je zwei Delegierte mit Rede- und Antragsrecht.
Die Abgeordnetenversammlung wählt das Präsidium und die Mitglieder des Rates, nimmt den Jahresbericht entgegen und beschliesst über Budget und Jahresrechnung. Sie kann dem Rat auf dem Weg von Motionen und Postulaten Aufträge erteilen, über Interpellationen Auskünfte verlangen und in Resolutionen ihre Haltung zu aktuellen Fragen zum Ausdruck bringen.