L’Assemblée des délégués AD est le parlement (législatif) de la FEPS. Elle siège deux fois par an, en juin en tant qu’invitée d’une Église membre et en novembre à Berne. Les Églises membres y sont représentées par 70 délégués, et la Conférence de Diaconie ainsi que la Conférence Femmes chacune par deux délégués ayant droit de parole et de motion.
L’Assemblée des délégués élit le présidium et les membres du Conseil, approuve le rapport annuel et le compte annuel et vote le budget. Elle peut donner mandat au Conseil par voie de motions et de postulats, exiger des informations au travers d’interpellations, et exprimer dans des résolutions sa position sur des questions d’actualité.